Время формирования HTML-навигатора можно сократить, если:
"Формировать HTML-навигатор в упрощенном формате" - опция задается в настройках.
Доформировать HTML-навигатор в ту же папку, что и ранее сформированный. Будут создаваться только измененные элементы.
Задать в настройках параметр "Количество потоков при массовом формировании отчетов" равном количеству процессоров (ядер процессора) компьютера. Актуально для 2х и более ядерных процессоров.