Можно ли выкладывать в HTML-навигаторе данные не о всех бизнес-процессах , а только о части
Да. При формировании HTML-навигатора выбираются элементы, которые будут использоваться. Это могут быть как бизнес-процессы, так и любые другие объекты (организационная структура, документы и другие справочники).