Если внешний документ, который попадает в организацию, уже имеет код, его надо кодировать
Такое желательно, но не обязательно. Т.е. документ может иметь и внешний код и внутренний код. Например, при поступлении письма с внешней организации на нем стоит номер исходящего у них документа. Вы же ставите номер входящего для себя документа. Это является обычной практикой для канцелярий (управлений делами, секретарей). Но если Ваша организация сможет управлять входящей документацией на базе внешних кодов - тогда можете не кодировать.
По данным Европейской организации по качеству (ЕОК), при оценке причин отказов действует правило "70-20-10", согласно которому 70% отказов происходит из-за недостатков проектирования, 20% - из-за некачественного изготовления и 10% - из-за нарушения эксплуатации.