Можно ли изменять структуру существующих регламентных документов (Положение о подразделении, должностная инструкция и т.д.)
Да, можно как менять существующие изначально регламентные документа (Должностная, Положение о подразделении, Регламенты процессов), так и создавать полностью свои отчет. Изменяемые отчеты рекомендуется копировать в папку "Пользовательские отчеты" и изменять так. Т.к. при изменении системного отчета при переходе на новую версию, все ваши изменения могут быть потеряны.